checar se o tamanho dos vetores e matrizes não estão sendo violados gfortran

use a opção -fbounds-check para fazer checagem dos limites dos vetores e matrizes em um programa fortran

Exportar X de forma simples

Basta loggar no servidor com

ssh -X

:)

psfgen: regenerate angles dihedrals

Não importa o que você esteja simulando,

SEMPRE rode o comando

regenerate angles dihedrals

no seu arquivo psfgen para gerar psf.

Perdi alguns dias de trabalho perdi alguns

dias de trabalho por causa disto.

NAMD standard units

The standard units used by NAMD are

Length=Angstroms

Energy=kcal/mol

Temperature=Kelvin

Pressure=bar

Timeout, server not responding.

Timeout, server not responding.

Ainda não consegui resolver esse problema.
O ssh não fica conectado.

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Parece que resolvi.

Um dia inteiro sem cair.

Basta usar o xterm para conectar ao servidor

ao invés de usar o terminal do kde ou gnome.

Soluções C6H6 CS2

Xb	Vm (cm^3/mol)	Nc	Nb	L angs
0	60.57	500	0	36.9112
0.25	68.72	375	125	38.4976
0.5	76.06	250	250	39.8222
0.75	83.46	125	375	41.0739
1.0	88.87	0	500	41.9429

parâmetros reajustados do SPC/E

Depois de muito lutar resolvi investigar o campos de força e seus parâmetros. Busquei o artigo original do SPC/E (Berendsen,Grigera, Straatsma JPC 1987 91,6269). A expressão do potencial é diferente.

V_lj = -(A/r)^6 + (B/r)^12

com valores de parâmetros
A=0.37122 (kJ/mol)^1/6.nm
B=0.3428 (kJ/mol)^1/12.nm

Fiz um programinha imprime os valores de energia potencial usando a expressão e os parâmetros do artigo alterando apenas as unidades para kcal e angstron. Depois disto eu fiz um ajuste não-linear no xmgrace, usando como função de ajuste a expressão de energia potencial usado no Namd/Charmm

V_lj = eps*[(R/r)^12 - 2*(R/r)^6]

Os valores finais de ajuste foram

eps = 0.155394 kcal/mol
R = 3.55322 angs

O gráfico das energias estão ai em baixo. Parece pouca coisa, mas pelo menos faz algum sentido, já que os potencial SPC/E original cresce um pouco mais rápido quando r diminui comparado com o potencial calculado com os valores que vem no arquivo de campo de força. Isso explicaria o baixo coeficiente de difusão observado nas simulações com estes parâmetros do arquivo.
Os valores do arquivo de parâmetros do Namd são R/2 e não R, portanto no arquivo de parâmetros está 1.77661 angs.
Vou fazer a simulação com estes novos parâmetros reajustados. Vamos ver se vira alguma coisa.

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ATUALIZAÇÃO - DADOS DA DIFUSÃO DA ÁGUA SPC/E NA SIMULAÇÃO NVE

Este é o gráfico da simulação NVE.
Agora está tudo bem. Acredito que resolvi o problema.
Era mesmo os parâmetros SPC/E que vinham do pacote de
arquivos de parâmetros do McKerell.