NAMD standard units

The standard units used by NAMD are

Length=Angstroms

Energy=kcal/mol

Temperature=Kelvin

Pressure=bar

Timeout, server not responding.

Timeout, server not responding.

Ainda não consegui resolver esse problema.
O ssh não fica conectado.

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Parece que resolvi.

Um dia inteiro sem cair.

Basta usar o xterm para conectar ao servidor

ao invés de usar o terminal do kde ou gnome.

Soluções C6H6 CS2

Xb	Vm (cm^3/mol)	Nc	Nb	L angs
0	60.57	500	0	36.9112
0.25	68.72	375	125	38.4976
0.5	76.06	250	250	39.8222
0.75	83.46	125	375	41.0739
1.0	88.87	0	500	41.9429

parâmetros reajustados do SPC/E

Depois de muito lutar resolvi investigar o campos de força e seus parâmetros. Busquei o artigo original do SPC/E (Berendsen,Grigera, Straatsma JPC 1987 91,6269). A expressão do potencial é diferente.

V_lj = -(A/r)^6 + (B/r)^12

com valores de parâmetros
A=0.37122 (kJ/mol)^1/6.nm
B=0.3428 (kJ/mol)^1/12.nm

Fiz um programinha imprime os valores de energia potencial usando a expressão e os parâmetros do artigo alterando apenas as unidades para kcal e angstron. Depois disto eu fiz um ajuste não-linear no xmgrace, usando como função de ajuste a expressão de energia potencial usado no Namd/Charmm

V_lj = eps*[(R/r)^12 - 2*(R/r)^6]

Os valores finais de ajuste foram

eps = 0.155394 kcal/mol
R = 3.55322 angs

O gráfico das energias estão ai em baixo. Parece pouca coisa, mas pelo menos faz algum sentido, já que os potencial SPC/E original cresce um pouco mais rápido quando r diminui comparado com o potencial calculado com os valores que vem no arquivo de campo de força. Isso explicaria o baixo coeficiente de difusão observado nas simulações com estes parâmetros do arquivo.
Os valores do arquivo de parâmetros do Namd são R/2 e não R, portanto no arquivo de parâmetros está 1.77661 angs.
Vou fazer a simulação com estes novos parâmetros reajustados. Vamos ver se vira alguma coisa.

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ATUALIZAÇÃO - DADOS DA DIFUSÃO DA ÁGUA SPC/E NA SIMULAÇÃO NVE

Este é o gráfico da simulação NVE.
Agora está tudo bem. Acredito que resolvi o problema.
Era mesmo os parâmetros SPC/E que vinham do pacote de
arquivos de parâmetros do McKerell.

Campo de Força Charmm

CHARMM

OPLS

sig_o=R_c/(raiz sexta de 2)=0,8908988*R_c R_c=1,122462*sig_o

eps_o=0,516129032258*eps_c eps_c=1,9375*eps_o

ssh sem cair

ssh -o ServerAliveInterval=30 user@some.host.com

resultado: melhorou, pois demorou mais para cair, mas não impediu que ele caisse.

By the way, I'm going to be dad

Para quem ainda não sabe (e não vai adiantar muito por que ninguem além de mim lê este blog) eu vou ser pai.

Densidade da água correta

Estou fazendo simulações da água SPC/E à 298 K e densidade 0.998 g/cm^3, ensemble NVT. Quanto às regras de combinação, estou usando o Lorentz-Berthelot, que é o utilizado pelo Charmm. Parece que é o mais utilizado pelas simulações em água. Engraçado o OPLS ter optado por uma regra de combinação diferente. O coeficiente de difusão parece melhor agora, mas ainda abaixo do esperado. Vamos ver se o resultado fica bom depois que eu termalizar bem, e depois ainda com as simulações NVE.

rho = 3,33894 x 10^22 molec de água/cm^3 = 3,33894 x 10^-2 molec de água/Angs^3

equivale a

29,95 Angs^3/molec de água

Regras de Combinação para parâmetros de LJ

O gráfico acima mostra as médias aritimética e geomérica entre 1.0 e a, com a variando de 0.0 a 1.0. Ve-se que para valores grandes de a as médias são próximas, mas para valores pequenos (valores muito diferentes entre os sigmas), as médias são muito distintas. Deve-se lembrar que o sigma para o H é ZERO e, portanto, possui a máxima diferença entre as médias.

eps sig

Charmm geometrica aritimética

OPLS geométrica geométrica

Estou simulando água SPC/E no NAMD que usa por default, as regras do Charmm. Não estou conseguindo reproduzir o coeficiente de difusão de 2.45 x 10^5 cm^2/s a 25°C e 1 atm . Será que se eu usar as regras do OPLS eu conseguirei reproduzir?