parâmetros reajustados do SPC/E

Depois de muito lutar resolvi investigar o campos de força e seus parâmetros. Busquei o artigo original do SPC/E (Berendsen,Grigera, Straatsma JPC 1987 91,6269). A expressão do potencial é diferente.

V_lj = -(A/r)^6 + (B/r)^12

com valores de parâmetros
A=0.37122 (kJ/mol)^1/6.nm
B=0.3428 (kJ/mol)^1/12.nm

Fiz um programinha imprime os valores de energia potencial usando a expressão e os parâmetros do artigo alterando apenas as unidades para kcal e angstron. Depois disto eu fiz um ajuste não-linear no xmgrace, usando como função de ajuste a expressão de energia potencial usado no Namd/Charmm

V_lj = eps*[(R/r)^12 - 2*(R/r)^6]

Os valores finais de ajuste foram

eps = 0.155394 kcal/mol
R = 3.55322 angs

O gráfico das energias estão ai em baixo. Parece pouca coisa, mas pelo menos faz algum sentido, já que os potencial SPC/E original cresce um pouco mais rápido quando r diminui comparado com o potencial calculado com os valores que vem no arquivo de campo de força. Isso explicaria o baixo coeficiente de difusão observado nas simulações com estes parâmetros do arquivo.
Os valores do arquivo de parâmetros do Namd são R/2 e não R, portanto no arquivo de parâmetros está 1.77661 angs.
Vou fazer a simulação com estes novos parâmetros reajustados. Vamos ver se vira alguma coisa.

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ATUALIZAÇÃO - DADOS DA DIFUSÃO DA ÁGUA SPC/E NA SIMULAÇÃO NVE

Este é o gráfico da simulação NVE.
Agora está tudo bem. Acredito que resolvi o problema.
Era mesmo os parâmetros SPC/E que vinham do pacote de
arquivos de parâmetros do McKerell.